Selama lebih dari 20 tahun berdiri, organisasi Puspar UGM mengalami beberapa perubahan struktur. Perubahan-perubahan ini merupakan antisipasi dari kebijakan, kondisi serta isu-isu kepariwisataan terkini yang selalu dinamis. Perubahan terakhir dilakukan pada tahun 2014, dimana organisasi Puspar UGM diwujudkan dalam struktur berikut ini:
